青科沙龙第50期丨人体肌肉骨骼系统基因表达数据库的构建和应用
研究内容：
近日，我院欧阳宏伟课题组与刘琬璐课题组在iScience杂志发表题为“MSdb: an integrated expression atlas of human musculoskeletal system”的研究论文。该研究利用生物信息学计算工具和云数据库平台，构建了首个大规模、标准化、可交互的人体肌肉骨骼系统基因表达数据库MSdb，并利用数据库收集的单细胞数据，开发了基于变分自编码器（Variational autoencoder，VAE）深度学习架构的单细胞数据整合分析算法scVAE，为肌肉骨骼系统高通量测序数据的深入挖掘和高效利用提供了有力的工具。
MSdb数据库收集了包括骨、软骨、肌肉、肌腱、椎间盘等人体运动系统主要组织细胞在内的33种疾病、3610个数据集，包含超过280万个单细胞数据。作者对不同数据库来源的元数据进行了统一筛选和整理，重点呈现有助于用户判断数据集临床意义和数据质量的相关信息，使用户能够更加高效地获取样本信息。同时，作者还开发了用户友好且功能丰富的在线分析及可视化网页，主要包括以下四个功能：数据浏览、数据可视化、数据整合和数据分析（图1），这些功能为科研人员更好地浏览和分析数据提供了便利的工具。
课题组介绍：
欧阳宏伟教授课题组长期从事干细胞与骨、软骨、肌腱组织的高清解析及再生研究，突破了骨软骨组织自愈能力低下的难题，发明了“骨软骨原位修复与再生技术”，建立和实践了组织工程要素的三条临床转化途径，即自体细胞/因子浓集治疗技术、支架材料器械产品和细胞材料复合移植技术。
刘琬璐课题组的主要研究方向为表观遗传学、基因组学、生物信息学、干细胞及再生医学，目前正致力于研究转座子的表观调控机制及其在细胞命运决定过程中的作用，实验室也侧重于多组学数据集单细胞数据的生物信息算法、数据库、网页工具等开发。
林俊鑫博士毕业于浙江大学干细胞和再生医学专业；2020年7月加入ZJE从事博士后研究，导师为刘琬璐教授。博士后研究方向为肌肉骨骼系统发育和疾病的细胞分子机制。博后出站去向为台州学院医学院。
刘琬璐课题组的主要研究方向为表观遗传学、基因组学、生物信息学、干细胞及再生医学，目前正致力于研究转座子的表观调控机制及其在细胞命运决定过程中的作用，实验室也侧重于多组学数据集单细胞数据的生物信息算法、数据库、网页工具等开发。
林俊鑫博士毕业于浙江大学干细胞和再生医学专业；2020年7月加入ZJE从事博士后研究，导师为刘琬璐教授。博士后研究方向为肌肉骨骼系统发育和疾病的细胞分子机制。博后出站去向为台州学院医学院。